古い記事ですが…
そもそも、大抵の動画サイトでは、映像も音声もMP4形式でしか配信していません。動画枠のそばの「Audio」ボタンではなく、アドレスバー右側にある下向きの矢印をクリックすると、.M4A形式が選択できるはずです。これが「各サイトのサーバから配信されている生テータ」です。
で、なぜMP3形式が特別扱いされているかというと、次の2つの理由によります。
(1) Craving Explorer 1.x では他にも複数の形式への変換に対応していた。
※その当時の動画コンテナとしては .FLV 形式が一般的で、そのままでは一般的な動画再生アプリで再生できませんでした。もっとも、比較的新しい時代の .FLV ファイルなら中身はH264形式の映像(とAACの音声)なので、然るべきアプリで中身を吸い出して .MP4 コンテナに入れ直せば再圧縮なしで再生できます。
(2) CE2では当初、音声のみのダウンロードはM4A形式限定にしていました。それがあるとき、初心者さんから「ダウンロードした音声ファイルをCD-Audioに焼きたいけど、CD-Rライターが受け付けてくれない」というお悩みが寄せられ、それに対する最低限の対応ということで、AudioボタンのデフォルトがMP3に変更されました。
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で、.WAV形式のコーデックはWindowsにデフォルトで組み込まれているので、対応しようと思えばすぐできるはずです。ただ、不用意にそれを実装してしまうと、今度は「CEをバージョンアップしたら、音声ファイルのサイズが急に巨大になった」というクレームが殺到する可能性があります。
あとは、「.WAVと.MP3をサポートしているのなら、他に◯◯形式も」という要望が際限なく寄せられる可能性があるので、それにどう対応するのか、という線引きも必要になります。